基於早期會議的組織鬆散，功能有限，對爐主欠缺實質幫助；加上政府在民國60 年代積極要求各地廟宇成立管理委員會，妥善管理，避免鋪張浪費，催生了第一個正式組織。民國67 年，過溪股大庄黃保護擔任爐主。過爐當晚，五股長老在「老大桌會」上提議成立管理委員會，以管理六房媽的公產並協助爐主辦理過爐。由於爐主每年更換，且是透過擲筊方式產生，大多對於六房媽祭祀事務不甚熟悉，若有管理委員會協助，各項工作的推動會更加順利。於是，當年老大桌會成員推舉土庫股張丕麟擔任召集人，開始展開籌備事宜。

管理委員會以里長為委員，因此隨著每四年一度的里長改選而改組，重新選舉主任委員及召集人。祭祠管理委員會的第一屆至第四屆（民國67 至83 年間）主任委員由斗六大北勢魏景宏擔任，召集人由土庫過港張丕麟擔任。民國83 年，由土庫謝永輝接任主任委員，並於96 年組成「中華民國六房媽會」，祭祠管理委員會功成身退。

祭祠管理委員會所保管的六房媽財產可分為定期存款及黃金，黃金來自信眾酬謝六房媽的金牌，委員會將這些大小金牌翻造成一面大金牌，存放在銀行的保管箱；亦曾將黃金變現，成為定期存款。凡向銀行申請存入黃金或更換定存單都需有七個印章才可以辦理，包含每股一位委員及主任委員的私章，再加上管理委員會的公印。

中華民國六房媽會係於民國96 年1 月6 日成立，接替了六房天上聖母祭祠管理委員會，並依《人民團體法》向內政部登記立案為全國性人民團體。由於會員人數超過三百人，採取分區選舉會員代表，每股各12 名代表，並於每年召集會員代表大會。設理事27 人、監事15 人。理監事選舉皆採五股平均分配席次，每股各選出五席理事，再由各股理事互選常務理事一人。有鑑於全臺各地陸續成立六房媽神明會，保留兩席理事由目前已登錄的九個團體互選；再由全體理事從五席常務理事選舉一人擔任理事長。監事選舉亦由五股各選出三席監事，各股監事互選常務監事一人，再由全體監事從五席常務監事選出一人擔任監事主席。復經民國104 年會員大會決議，自108 年第四屆理監事會開始，理事長、監事主席的產生依「神明事由神明決定」的原則，由常務理事及常務監事分別經由六房媽聖杯指示而定。

基本上，會員代表、理監事即是沿襲前身祭祠管理委員會的委員、顧問，由各股的里長為主要理事人選。各股各有五名理事，對六房媽事務熟悉的地方人士也可出任。

中華民國六房媽會主要任務依章程明訂如下：

管理祭祀神像一切事項。
辦理每年過爐遶境各股配合事項。
輪值爐主之選定。
本會財產之管理事項。
辦理過爐神像、財物移交一切事項。
辦理國內社會教化與文化復興事業工作。

國家重要民俗

文化部文資局於106年09月21日公告為國家重要民俗，登錄理由

中華民國六房媽會為出席說明會關係人多數認可，具保存者之代表性與適當性。符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第4條第3款「在文化脈絡下為適當者」之條件。

雲林六房媽過爐是高度民眾自主性活動，由斗南股、土庫股、五間厝股、大北勢股及過溪股等五股輪值，又擴及各股小爐廟宇，數千名志工協助處理壇務、煮食，五股諸庄全境總動員。每年過爐時隨香陣頭均由社區民眾自組，沿途民宅均擺設香案迎接，互動參與度極高。符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第2條第1款登錄基準「民間高度認同，並持續自主、自發參與」。

雲林六房媽由林姓族人之家族神明演變為區域性共同信仰，為臺灣移墾社會由血緣關係擴大為地緣關係，作為結合人群關鍵力量之典型，該信仰活動最晚清代已形成，戰後歷經變遷演進，目前其信仰特色、過爐儀式、民俗活動與地方人民生活緊密結合等條件均具備。符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第2條第2款登錄基準「顯著反映族群或地方社會生活及文化之特色」。

維繫五股三十四庄爐主輪祀制度，無固定廟宇之媽祖信仰形式，具傳統在地信仰元素，如神明移交、擔花、擔燈、中軍班、分旗腳、紅壇等特色。符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第2條第3款登錄基準「其表現形式及實踐仍保留一定之傳統方式」。

雲林六房媽過爐，係每年擇日拜請六房媽祖移駕到下一股接受奉祀的過程，同時進行爐主任務的交接。由固定各輪值股順序，再按照各聚落庄頭之間的協調，每年農曆四月盛大過爐儀式持續傳承與實踐，數十萬信眾與香客參與，符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第3條第1款重要民俗登錄基準「在歷史與社會變遷下，具文化生命力，持續傳承及實踐」。

移爐式的紅壇信仰形式，全國以雲林六房媽過爐最具規模與複雜性，係此類民俗之最具指標性者；過爐遶境時可見各庄頭社群一體性及強烈認同感的展現。符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第3條第2款重要民俗登錄基準「參與實踐之地方、社群或族群認同其為社會生活或文化特色重要之一環」。

中華民國六房媽會促成各股信眾關注並彰顯本案民俗文化資產之核心價值、多元文化表現力，及適度協調每年度輪值大股、小股及志工任務，符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第4條第1款「充分了解該登錄項目之知識、技術及文化表現形式」。

中華民國六房媽會持續發揮凝聚群體之影響力，傳承實踐雲林六房媽過爐儀式，蒐集庄頭人文地貌、口述歷史、輪值規則及六房媽信仰議題，符合「民俗登錄認定及廢止審查辦法」第4條第2款「具協助推動該登錄項目保存維護工作之能力及意願」。